В статье исследуются проблемы формирования и распоряжения денежными средствами, поступающими на законных основаниях российским государственным университетам, осуществляющим образовательную деятельность на рынке образовательных услуг. Российские государственные университеты оказывают государственные образовательные услуги наряду с другими участниками рынка услуг — частными университетами и образовательными организациями, имеющими организационно-правовую форму казенных учреждений. При этом от ведущих российских университетов государство и общество ожидают прорывного движения вперед и вхождения в ведущие мировые рейтинги. Правовой статус государственных университетов, созданных в форме бюджетных либо автономных учреждений, имеет существенную специфику, обусловленную нормами гражданского законодательства, определяющего режим имущества, закрепленного за такими учреждениями на праве оперативного управления, а также нормами бюджетного законодательства. К особенностям бюджетно-правового статуса университетов относится прежде всего получение субсидий на выполнение государственного задания. В такой форме субсидирование применяется только к бюджетным и автономным учреждениям. Зависимость университетов от финансирования в форме субсидий на выполнение государственного задания и субсидий на иные цели компенсируется правом на осуществление приносящей доход деятельности, средства от которой поступают в самостоятельное распоряжение бюджетных и автономных учреждений. Вместе с тем объем права самостоятельного распоряжения денежными средствами ограничен рядом запретов и императивных требований. Для бюджетных учреждений наиболее существенным ограничением выступает обязанность по использованию лицевых счетов, открываемых органами Федерального казначейства. Обязательное использование нескольких лицевых счетов с различным объемом прав по распоряжению денежными средствами и осуществлением контрольных процедур значительно сужает самостоятельность университетов в принятии эффективных решений по использованию денежных средств. Отсутствие должного правового регулирования, несогласованность бюджетных норм в части определения целевой направленности различных денежных средств порождает в ряде случаев неопределенность в правомерности распоряжения средствами университетов и определения финансовой основы гражданско-правовой ответственности бюджетных учреждений — участников рыночных отношений по оказанию услуг в сфере образования.