В связи с тем, что основу формирования популяции вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) составляют иксодовые клещи и их прокормители – позвоночные животные, представляло интерес получение генетической характеристики штаммов, выделенных из различных источников на территории Восточной Сибири. В ходе проведенного исследования установлено, что циркуляция ВКЭ генотипов 1, 2, 3, 5 и «политиповых» штаммов на территории Восточной Сибири поддерживается как основными переносчиками (клещами I. persulcatus), так и их прокормителями (мелкими и крупными млекопитающими, птицами). Распределение генотипов в группах штаммов от иксодовых клещей и позвоночных животных различалось. Штаммы ВКЭ генотипов 1 и 2 достоверно чаще выделялись от грызунов, генотипа 3 - от иксодовых клещей (p˂0,05). В группе штаммов, изолированных от иксодовых клещей преобладали изоляты генотипа 3 (85,5%), из которых 29,6% составили штаммы субгенотипа «Васильченко», 25,6% - субгенотипа «Заусаев». Генотипы 1 и 2 были представлены единичными изолятами (3,3% и 1,3% соответственно). Среди штаммов, изолированных от теплокровных хозяев, доля генотипа 1 составила 35,3%, генотипа 2 –11,8%, генотипа 3 - 35,3%. Более половины штаммов генотипа 3 (58,3%) были отнесены к субгенотипу «Васильченко», штаммов субгенотипа «Заусаев» не выявлено. Полученные данные позволяют предположить, что иксодовые клещи являются амплификаторами ВКЭ генотипа 3, а теплокровные животные – генотипа 1. Выявлены определенные различия фенотипических признаков штаммов, изолированных от клещей и теплокровных животных. Установлено, что штаммы, изолированные от клещей, более однородны по своей антигенной характеристике, менее гетерогенны по S-признаку, чем штаммы, выделенные от теплокровных источников. Штаммы, выделенные от теплокровных проявляют несколько большую устойчивость к прогреванию при одновременном снижении репродукции вируса при температуре 42°С, обладают большей вирулентностью по сравнению со штаммами, выделенными от клещей.