Несмотря на убыточность пригородных пассажирских перевозок и только частичную компенсацию выпадающих доходов компании со стороны субъектов Российской Федерации, ОАО «РЖД» ежегодно направляет значительные средства на развитие пригородного комплекса.В рамках «пригородной» инвестиционной программы ОАО «РЖД» выполнены и продолжаются работы по реконструкции и строительству объектов пассажирской инфраструктуры, технического обслуживания и ремонта подвижного состава. Общая сумма программы – более 30 млрд. рублей. В текущем 2016 году Правительство Российской Федерации в разовом порядке приняло решение о компенсации потерь доходов от перевозки школьников и студентов путем внесения в уставный капитал компании денежных средств за счет размещения дополнительных обыкновенных именных акций. Однако применение такого метода возмещения потерь не позволяет направлять финансовые ресурсы структурным подразделениям ОАО «РЖД», его дочерним обществам, которые непосредственно осуществляют перевозки пассажиров.