Для повышения качества транспортных услуг, кооперации между автомобильным и железнодорожным транспортом, улучшения экономичности и своевременности, рынок грузоперевозок нуждается в сервис-ориентированной модели, которая решает транспортные проблемы на основе требований клиентов. Поэтому исследование оптимизации маршрутов контейнерных перевозок общественным железнодорожным транспортом и комбинации видов транспорта имеет важное значение для повышения эффективности транспортных услуг. При планировании транспортных потребностей различных грузоотправителей необходимо разрабатывать разумные транспортные решения, обычно контролируя, как общие транспортные расходы, так и общее время транспортировки, планируя оптимальные маршруты и выбирая комбинацию видов транспорта. В данной работе рассматривается проблема оптимизации распределения общественного железнодорожного транспорта на основе бесперегрузочного режима. Целью разработанной математической модели было сокращение общей стоимости перевозки и общего времени, а также ограничение временного окна железнодорожного обслуживания в транзитных узлах. Для решения задачи оптимизации осуществления интермодальных грузовых перевозок предложен генетический алгоритм. Исходя из характеристик модели данной работы, для задачи оптимизации интермодального пути используется матричный подход к кодированию, который снижает сложность, а также сохраняет генетическую целостность потомков.